La Subgerencia de Contabilidad es el órgano de apoyo, que depende funcional y administrativamente de la Gerencia de Administración y Finanzas, conformante del Sistema Nacional de Contabilidad Pública, encargado de su implementación en la MDLO. Depende de la Gerencia de Administración y Finanzas. Está a cargo del Sub Gerente de Contabilidad designado por el Alcalde a propuesta del Gerente Municipal.