La Subgerencia de Tesorería es el órgano de apoyo, responsable de la ejecución de pagos que conforman el flujo de fondos, así como la custodia de los mismos, propias del Sistema de Tesorería, en función a las Normas de Procedimiento de Pagos del Tesoro Público y otras disposiciones legales pertinentes. Depende de la Gerencia de Administración y Finanzas. Está a cargo del Sub Gerente de Tesorería designado por el Alcalde a propuesta del Gerente Municipal.