La Subgerencia de Transporte es un órgano de línea encargado de la ejecución de las acciones de autorizaciones y certificaciones de transporte público de competencia municipal distrital, circulación en vehículos menores, así como la gestión de programas de circulación y educación vial. Depende de la Gerencia de Seguridad Ciudadana y Gestión del Riesgo de Desastres. Está a cargo del Sub Gerente de Transporte quien es designado por el Alcalde a propuesta del Gerente Municipal.